Die GDA verfolgt auch das Ziel einer Optimierung des dualen Arbeitschutzsystems in Deutschland. Die Aufsichts- und Beratungsressourcen der Unfallversicherungsträger, auf der regionalen Länderebene vertreten durch die "Gemeinsamen Landesbezogenen Stellen (GLS)", und die Länderbehörden, werden durch eine abgestimmte und arbeitsteilige Arbeitsweise gebündelt mit dem Ziel, die Effizienz und Effektivität des betrieblichen Arbeitsschutzes zu steigern.
Die Zusammenarbeit zwischen Unfallversicherungsträgern und staatlichen Arbeitsschutzbehörden im Rahmen der GDA auf der Länderebene erfolgt auf der Basis einer Rahmenvereinbarung, in der die Grundlagen der Zusammenarbeit festgeschrieben sind. Die Durchführung der elf GDA-Arbeitsprogramme wird in gemeinsamen "Umsetzungsvereinbarungen" mit konkreten Festlegungen zu Aufgabenart und -umfang vereinbart. Eine weitere wichtige Voraussetzung für die gemeinsame Präventionsarbeit sind gemeinsame Grundsätze für die Überwachungs- und Beratungstätigkeiten der Aufsichtsdienste in den Betrieben. Hierzu werden in der Nationalen Arbeitsschutzkonferenz Leitlinien entwickelt, die zu bestimmten spezifischen Themen das gemeinsame Grundverständnis der GDA-Träger beschreiben. Eine "Leitlinie zur Gefährdungsbeurteilung und deren Dokumentation" (PDF, 125 kB, nicht barrierefrei) liegt bereits vor und bildet seit 2008 die Grundlage für das abgestimmte Aufsichtshandeln auf diesem für die Prävention wichtigen Feld.